Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Kota Gorontalo adalah salah satu madrasah yang didirikan sebagai lembaga penyelenggara pendidikan yang berciri khas Islam yang berkedudukan di Jalan Poigar Kelurahan Molosipat U Kecamatan Sipatana Kota Gorontalo. Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Kota Gorontalo berdiri pada tahun 1978 melalui SK Menteri Agama RI No 19 Tahun 1978 menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri Gorontalo dengan Kepala Madrasah pertama adalah Bpk. Hi. Mahmud Walangadi (1978/1987). Sejak Tahun 1978 sampai dengan sekarang MTs Negeri 1 Kota Gorontalo telah mengalami 12 pergantian kepala madrasah yaitu
- Hi. Mahmud Walangadi (1978-1987)
- Igris Husain (1987-1993)
- Drs. Rusdiarto Podungge (1993-1995)
- Drs. Adam K. Tadu (1995-1999)
- Drs Ibrahim Panigoro, S.Ag (1999-2002)
- Dra. Ha. Syabrijah Podungge (2002-2003)
- Hamzah D. Harun, S.Ag (2003-2006)
- Dr. Hi. Masjrul Janto Usman, S.Ag, M.Pd (2006-2011)
- Drs. Faizal Fatah SN Tuli, M.Pd (2011-2014)
- Dr. Hi. Hamdan Ladiku, S.Ag, M.Hi (2014-2018)
- Dr. Hi. Karjianto, S.Ag, M.Pd (2018 - 2025)
- Dr. Rommy Bau, S.Ag., M.Pd (2025 - sekarang)
Pada Tahun 2017 Madrasah Tsanawiyah Negeri Gorontalo berubah menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri 1 Kota Gorontalo.